El Rei Martí l'Humà va concedir permís en 1399 a la Confraria de Santa Llúcia per construir l'edifici de l'ermita i de la casa de la confraria. La Pontifícia, Real i Primitiva Confraria de Santa Llúcia Verge i Màrtir de València gestiona des d'aquell moment i fins als nostres dies, en plena autonomia, l'ermita i la casa. La Confraria va cedir, en 1410, part del seu hort, per construir el dormidor de locos de l'Hospital General.
El temple presenta actualment un aspecte barroc, amb obres dels segles XVII, XVIII i XIX, especialment el retaule major amb la imatge de Santa Llúcia; el llenç de la Mare de Déu dels Desemparats, de Gaspar de la Huerta, o el bocaport d'Evaristo Muñoz.
La Confraria conserva la documentació original dels més de sis segles d'existència, així com nombroses obres d'art, exposades i al culte, en l'ermita. El temple té dos dates d'especial i pública concurrència: el dia de Santa Llúcia, la protectora de la vista, 13 de desembre, i el dia de Santa Àgata, protectora dels pits femenins, 5 de febrer. Especialment popular és la tabalà del 12 de desembre a les set i mitja de la vesprada, que rodeja el barri amb el soroll d'una centena de dolçaines i tabals, per anunciar la festa, a la qual s'afegeixen les torres humanes de la Muixeranga de València.
La Confraria està fent un important esforç per compartir el patrimoni religiós i cultural, tant a través de la pàgina Web com de l'obertura del temple, sis dies a la setmana.